又是一年大量施肥時， 部分果農為了節省勞力，大量使用未經腐熟(發酵)的畜禽糞便。危害。畜禽糞便中營養成分較高，作為有機肥料越來越受到有機食品與綠色食品生產者的歡迎，其中以豬糞、雞糞的使用廣泛。而新鮮畜禽便直接施入土壤中會招來地下害蟲，造成對作物根系的危害。
1、未腐熟(發酵)的畜禽糞便中，植物是無法直接吸收的。有機質在分解過程中產生大量的二氧化碳（CO2）和熱量，從而引起燒根現象。另外，未腐熟(發酵)的畜禽便中氮素主要以尿酸態存在，不被作物直接吸收利用，而且對根苗有害。
2、未腐熟(發酵)的畜禽糞便在分解過程中，有大量氮氣和其他有害氣體放出，容易引起作物中毒，并且造成氮素的大量損失。
3、未腐熟(發酵)的畜禽糞便中，仍含有活性的病原菌、病毒、寄生蟲卵、雜草種子等，易給作物傳染病蟲害，造成土壤水源污染。以生物制劑（堆肥、液肥專用菌種）發酵畜他糞便，在腐熟(發酵)過程中釋放熱量，堆肥高溫能達到50-60℃，可以將一些有害病菌、寄生蟲卵、雜草種子等殺死，從而減少病、蟲、草對作物的危害。
4、畜禽糞便未腐熟(發酵)時，其碳氮比（C/N）較高，微生物活動需要吸收一部分氮，從而出現微生物和作物爭奪氮的現象。
5、施用未腐熟(發酵)的畜禽糞便，對于土壤物理性狀影響較大，土壤容重太小，總孔隙度太大，不利于作物發根生長。
6、有機酸毒害：農家肥所產生的有機酸可影響根系，嚴重的會造成爛爛根，苗生長不良，植株矮小，葉片黃化，似缺肥狀；成株期施用過量未腐熟(發酵)的農家肥，可使植株的葉片自上而下變黃，似缺素狀；但其地下根不變褐腐爛，有別于作物的根腐病；其維管束不變色，有別于黃萎病與枯萎病。
7、種蠅的危害：種蠅成蟲產卵有趨向未腐熟(發酵)糞便的習性，因此，施用未腐熟(發酵)家禽糞便越多，種蠅幼蟲為害越重。幼蟲危害萌動的鉆入根部或莖部，使地上部表現營養不良；危害所造成的傷口，易于病原微生物侵入，引起侵染性病害的發生，造成更大的損失。
