1.化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。
2.化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
3.化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。
4.危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。
5.化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6.化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。
7.從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地利就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環。
8,過量使用化肥給農民帶來嚴重的收入損失。據抽樣調查,我國80%的農戶習慣憑傳統經驗施肥,不考慮各種肥料性,盲目采用“以水沖肥”、“一炮轟”等簡單的施肥方法。全國有1/3農戶對作物過量施肥,導致農民種地投入不斷增加,雖然糧食產量增加,但增產不增收的現象越來越嚴重。有的地方由于長期過量使用化肥,只增加成本不增加產量,造成農產品品質低劣,使農民收入增加緩慢甚至降低其收入。
9，影響作物品質。由于農田大量施用單元素化肥,其養分不能被作物有效地吸收利用。氮、磷、鉀等一些化學物質易被土壤固結,使各種鹽分在土壤中積累,造成土壤養分失調,部分地塊的有害重金屬含量和有害病菌量超標,導致土壤性狀惡化,作物體內部分物質轉化合成受阻,使農產品品質降低。超量使用化肥使果蔬生長性狀低劣,并且容易腐爛,不宜存放。
10，導致糧食和農產品受到威脅。過量使用化肥易使莊稼倒伏,而一旦出現倒伏,就必然導致糧食減產,威脅中國的糧食;過量使用化肥還容易發生病蟲害。使用過量的氮肥,會使莊稼抗病蟲害能力減弱,易遭病蟲的侵染,繼而會增加防蟲害的農藥用量,直接威脅食品的性。一旦食用受污染的農產品,就會對人類身體造成嚴重威脅,引發中毒及誘發其他病癥。
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