有機肥能改善果園土壤的物理和化學性質，它與果園土壤結構性、通氣性、滲透性、吸附性和緩沖性等有密切的關系。改良土壤是有機肥更重要的作用，那么、有機肥是怎么改良土壤的呢？
1、提供養份全：有機肥是一種完全肥料，含有作物所需要的營養成份和各種有益元素，而且養份比例全，有利于作物吸收。因此，合理施用有機肥，有利于土壤養分比例平衡，有利于作物對土壤養分的吸收和利用，不會因多施有機肥而造成土壤某種營養元素大量增加，破壞土壤養份平衡。
2、促進土壤微生物繁殖：有機肥料含有大量的有機質，為各種微生物生長繁殖提供能源，據研究深耕配合施用有機肥，土壤固氮菌比對照增加近一倍，纖維分解菌增加近2倍，其它微生物群落也有明顯增加，所以施有機肥能大大促進新開墾土地的熟化進程。另外，有機肥在腐解過程中還能產生各種酚、維生素、酶、生長素等物質，能促進作物根系生長和對養分的吸收。3、提高土壤保肥保水能力：所有的有機肥料都有較強的陽離子代換能力，可以吸收更多的鉀、銨、鎂、鋅等營養元素，防止淋失，提高土壤保肥能力，尤其是腐熟的有機肥保肥能力更明顯。此外，有機肥還具有很強的緩沖能力，可防止因長期施用化肥而引起酸度變化和土壤板結，可提高土壤自身的抗逆性，保證土壤良好的生態環境。
4、減少養分固定，提高養分有效性：有機肥含有許多有機酸、腐殖酸、羥基等物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素如錳、鋁、鐵等螯合形成螯合物，可減少錳離子對作物的危害。又可防止鋁與磷結合成很難被作物吸收的難溶性磷而無效化，大大提高土壤有效態磷的有效性。
5、加速土壤團聚體的形成，改善土壤理化性質：有機—無機團聚體是土壤肥沃的重要指標，它含量越多，土壤物理性質越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越強，通氣性能越好，越有利于作物根系生長
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